Wie in vielen MMORPGs habt ihr auch im Anime-Spiel Naruto Online die Möglichkeit, euch mit anderen Spielern zusammenzuschließen und gemeinsam mit ihnen Abenteuer zu bestehen. Dafür empfiehlt sich die Mitgliedschaft in einer Gilde. Mitgliedschaft bedeutet allerdings nicht, dass ihr nur bestehenden Gruppen beitreten könnt. Im Gegenteil: Wenn ihr bereits Stufe 16 erreicht habt, könnt ihr in Naruto Online selbst eine Allianz gründen und andere Spieler einladen.
Die Gilden in Naruto Online verfügen über ein Rangsystem, das euch je nach erbrachter Leistung hochstuft. Ihr startet eure Allianz-Karriere als einfaches Mitglied und könnt im Laufe des Spiels immer weiter aufsteigen. Zum Leader werdet ihr allerdings nicht. Dieser Posten ist dem Gründer der Gilde vorbehalten. Ihr könnt euch aber zur rechten Hand des Chefs mausern. Immer, wenn ihr einen Beitrag leistet, erhöht sich eure Position innerhalb der Gruppe.
